綜合日媒報導，廣陵高中早在2011年就有球員遭教練與部分隊員暴力與辱罵，當時向校方投訴，以「無法證實」結案；2023年一名受害隊員家長在社群媒體公開信中點名10名球員、5名教練，指控他們擊打胸部、拍打臉頰、推擠腹部、抓住學生衣領、潑冷水，更指控學長強摸、舔受害者生殖器、逼舔馬桶，因此向警方報案，促使學校成立第三方委員會調查。
當時廣陵高中聲稱已對相關人員問詢，但「未發現任何新的事實」，強調「零容忍暴力」，並向受到影響的學生和家長致歉，承諾防止再犯。然而校方處理進度緩慢、霸凌事件引發輿論不滿，網路上出現「應該退賽」「隊內暴力已成常態」等聲音。
與此同時，93歲的棒壇元老廣岡達朗公開反對退賽，稱「學校已調查，高校聯盟也警告過，現在比賽才開始就翻舊帳很奇怪」，並認為退賽對球員「太可惜」，並批評旭川志峯高中7日比賽後有3名球員拒絕握手「是完全不可接受的，這是缺乏體育精神的表現」「場外問題不該帶入甲子園」；廣岡達朗反對聲音引起網友不滿，認為若受害者見霸凌者仍好端端地出賽，是多諷刺行為。
然而5日時，錦標賽總部就已向廣陵高中發出嚴重警告，6日校方發布聲明道歉，當時錦標賽仍允許繼續參賽；不過事件持續延燒，10日廣陵高中校長堀政一召開記者會宣布退出第107屆甲子園第二輪及之後的賽事，並向賽會總部提交退賽申請獲准，向所有相關人員致歉。