2018年地方九合一大選，同時有大量公投案同時舉行，選務系統幾乎被壓垮，立院2019年修法，公投於2021年起每2年舉行1次，與大選脫鉤。2021年藍營痛批此為「鐵籠公投」，再度推動「公投綁大選」公投，最後不同意票較多，以失敗收場。
當時，共有「反萊豬」、「公投綁大選」、「重啟核四」及「珍愛藻礁（遷離三接）」等4項公投，民眾黨喊出「兩好兩壞」，呼籲支持者針對「反萊豬」及「珍愛藻礁」公投投下同意，「重啟核四」及「公投綁大選」則投下反對票。
當時，民眾黨內就有異音出現，導致一度立場變為「兩好」，最後在柯文哲表態下，定調「兩好一壞」，亦即不對公投綁大選表達立場。可最後，4項公投不同意票均超過同意票，皆以失敗收場；外界認為，民眾黨未對公投綁大選明確表態，確實對戰局有所影響。
黃國昌今被問及黨內立場變換，強調先前修《公投法》時，黨內對民進黨將《公投法》鎖回鳥籠，實際上有非常多的意見。當然後續面對公投綁大選的公投，黨內也有不同看法，但他要強調，公投與大選脫鉤至今，實際就是癱瘓公投，造成嚴重後果。