繼22日經濟部長郭智輝、數發部長黃彥男、教育部次長葉丙成相繼請辭，總統賴清德23日晚間也宣布內閣將啟動必要人事改組，讓團隊更有效率；卓榮泰今（25）日受訪時指出，所有正式內閣人事調整都是從昨天開始，之前為預備工作，「今天不可能有確定的人選，但這個禮拜內一定會完成新的內閣人事調整名單」。
而目前傳出的內閣改組新人事，包含總統府副秘書長張惇涵接任行政院秘書長，現任行政院秘書長由龔明鑫調任經濟部，以及9月掛牌成立的運動部，首任部長爲奧運羽球雙金得主李洋；至於衛福部長邱泰源、國發會主委劉鏡清等人也被點名換人。
不過，今傳出邱泰源拒絕發出請辭信，其22日遭卓榮泰約談後，被示意主動遞出請辭聲明，當時邱泰源當面拒絕，甚至將在這幾日積極見總統賴清德，盼親自說明努力成果。
至今除幾位部長、次長向行政院提出辭呈確定離開，卓榮泰表示「還有數位，我們還在做思考、徵詢當中」，至於新內閣何時拍板，卓榮泰表示，這一兩天因立法院行程，會利用空餘時間，甚至到了週三（27日），希望能在本週內向國人提出報告。