針對黃國昌指控，洪奇昌發聲明指出，自他2008年卸任海基會董事長後，他已遠離各種政治決策和選舉，嚴格來說，新潮流只是他過去待過的團體，在2016年離開團體放手讓下一代的夥伴接棒後，他仍會關心國家大事、抒發己見；但實際上，他已遠離各種政治決策和選舉長達17年，專心致力於企業經營並持續推動社會公益，實在無須捕風捉影，強加連結。
洪奇昌說，關於他與總統賴清德的關係，也無需過度影射。從賴總統年輕時第一次參與選舉當選國大代表，一直到後來的立委以及市長，賴總統的成就可以說完全來自於他的認真、負責、正直和清廉，這自然會得到很多朋友與前輩幫助，並獲得眾人敬重 。這一路上 ，曾經提攜或協助賴總統的人相當多，甚至每張選票才更是他的恩師與益友。
洪奇昌表示，對他而言，生命中在創黨、建黨，早期為台灣民主化及國家主體性奮鬥中，曾經與賴總統共事打拚，這份榮幸和驕傲才是提畢生最珍視的。最後，請容提不客氣地說，道德是政治人物一生必須守護的第二生命，黃國昌近日被揭發有組織的進行跟蹤與偷拍，並且疑似豢養網軍，進行竊取機關資料。
洪奇昌指出，黃國昌身為立法委員，這些行為必須負責向社會大眾說明，並深感羞愧及反省，但顯然黃國昌越過了政治人物該有的道德底線，非但沒有為此事感到愧疚，對為了持續博取政治聲量、轉移焦點、為挽救其政治生命，選擇用抹黑爆料的方式來傷害大同醫護，並利用提過去的身分證限上綱攻擊執政黨，更是令人不齒。
洪奇昌說，個人從黨外戒嚴時代、從政40多年來，許多朋友都清楚知道，他並不是個好於爭辯口角是非之人，並且一直以來也以相當程度地容忍各界對提的各種批評，但今天這起事件實在令人感到沉痛與憤慨，不僅因為個人名譽和公司商務損失，當今社會還容得下如此道德低落的政治人物遊走於政壇，這是台灣政治的悲哀。
關於大同醫護公司相關案件的執行，洪奇昌提出3點補充。一、大同醫護並沒有用舊品充當新品。因該標案履約時間相當短，新的智慧輸液幫浦需要不少訂製時間，由於廠商最後交付新品時間有所拖延，以至於履約當日驗收時未過，但最後驗收已確實交付新品，有公文為證，大同醫護公司亦坦然接受罰款。過程中，因有系統測試需要，只能先用測試品（非新品）暫代系統驗測，相關測試方式資安院皆清楚且同意，卻被惡意扭曲為用舊品混淆新品，著實令人憤慨。
洪奇昌表示，二、路由器的品牌是美商HP，完全符合採購法規。根據行政院秘書長109年12月18日院臺護長字第1090201804A號函〈禁止使用及採購大陸廠牌資通訊產品〉相關注意事項：考量實務執行問題，現行僅限制其最終資通訊產品不可為大陸廠牌，暫未限制大陸廠牌零組件。本次採購案合約，針對本案所交付之資、通訊等設備不得為陸資品牌，公司繳交進口報關單給資安院時，院方亦清楚知道該廠牌為美國公司HP但製造地為中國，所有過程清楚透明，院方在三次驗收會議亦未列為缺失改善項目，一切合法合規。
洪奇昌指出，三、主標商依約對全案負起維護保固責任。黃國昌指責資通訊產品為何由大同醫護提供保固？這全然顯露其外行且惡意。主標商依約必須對全案所有服務及產品負有維護保固責任，因此，硬體部分必然是由大同醫護負起主要保固責任，主標商提供自己的保固證明是行之有年的採購實務。其次，關於黃國昌影射他關說施壓資安院院長一事，更是非常惡意的抹黑與造謠，黃對採購法不僅一知半解 ，毫無證證據的影射關說 ，還對對提提偽造文書等告訴，上演選舉造勢戲碼，惡劣至極。
洪奇昌說，他身為董事長，在此必須先向公司同仁受到波及表達歉意，也要感謝同仁數十年來有為有守，長期對公司及提國健康醫療付出努力。雖然公司並非相當賺錢的公司，但每一分獲利，都是坦坦蕩蕩 、腳踏實地，經得起檢驗，要嚴正聲明，他並不認識何全德院長，更遑論關說施壓，對於此案問心證愧，必定會用最高的透明度配合所有相關單位檢驗和調查，期盼儘速結束這齣鬧劇，使公司運作恢復正常。
對此，黃國昌發文反嗆，「莫名其妙、歡迎來告！」他今天上午在交通委員會國家資通安全研究院院長公開說「大同醫護用舊品跟中國製品履約」，整場質詢公開透明，洪奇昌還要拗什麼？請新潮流大老洪奇昌好好看看留言區質詢過程的影片，該不會連看都看不懂吧！
黃國昌表示，如果洪奇昌有時間扯民進黨對他發動的可笑政治攻擊，不如先好好向社會道歉，還有把該還給國家的錢全都吐回來。
