爭議源於2024年6月，吳沛憶指控洪孟楷在立法院教育委員會質詢時，要求國科會提供台積電機密資料，她在臉書發文指出，洪孟楷質詢時提及「台積電隔天、4月4號就已經講，晶圓廠設備恢復率超過 80%」、「經過了7天的時間，本席要問的是最新的進度」，她更直言，洪孟楷對國科會的就是包括台積電在內的「晶圓廠設備恢復率」。
針對指控，洪孟楷反擊，當初是向國科會要0403花蓮大地震導致全台科學園區的災損情形，且吳沛憶也有要同份資料，證明當天質詢內容網路上都可以查到，以此批評吳沛憶的發言是在抹黑，強調會請律師提告妨害名譽，希望用司法程序還他清白，台北地檢署今日偵結，處分不起訴。
