根據《鏡週刊》報導，葉丙成在擔任教育部次長之前，曾擔任愛自造者學習協會理事、素養教育協會共同發起人，他上任後主導舉辦的「總統盃AI素養爭霸賽」，由兩協會共同協辦，且指定使用國內帕亞科技公司研發的系統，這間的蘇姓負責人及卜姓監察人，現仍擔任愛自造者學習協會理事。
對於報導內容，葉丙成透過教育部回應指出，他於4年前創辦台灣素養教育協會創立至今，從未接過各級政府案子，也未曾有任何一筆政府經費，完全是結合民間企業資源，一起去偏鄉做公益。去年加入教育部之前，他與配偶已辭去台灣素養教育協會理事之職，完全退出協會運作。
葉丙成說，成功大學教授蘇文鈺長年耕耘偏鄉，為了讓偏鄉孩子也能學習AI素養，所以舉辦比賽，讓偏鄉孩子學習並應用AI素養。因認同蘇文鈺耕耘偏鄉教育的理念，在他創辦愛自造者學習協會初期，曾協助並擔任理事，不過，2022年已卸任，未再擔任理事一職，也未曾再參與該協會之運作。
葉丙成表示，在本次總統盃AI素養爭霸賽案中，教育部並未提供台灣素養教育協會任何經費補助。該協會去年曾協助愛自造者學習協會舉辦AI競賽，具相關辦理經驗，故本次列為協辦單位，提供建議與諮詢，協助活動順利推動。他強調未曾圖利台灣素養教育協會，媒體報導並非事實。
至於報導中指出，葉丙成過去開發的數位學習程式PaGamO，在2016到2020年間登記成為「幫你優」、「泛學優」、「閱讀優」等3家公司，且此3家公司成員與素養教育協會高度重疊。葉丙成說，3年前卸下幫你優公司CEO職務，歸建台大，此後便不再參與公司與子公司的經營、管理。
葉丙成說，該公司成立於11年前，當時的CEO經會計師建議以境外公司設立，惟在台公司經營，均符合政府規定；在他上任教育部次長職務前，已將所持股份交由蕭奕弘律師事務所處理信託事宜。