卓榮泰先前以私人行程名義，自費包機赴日應元中華隊，卻遭在野緊咬。如今網路論壇上出現一名自稱為此次專案參與者的網友，貼出中文簡繁體交錯的「公文」，並稱事前日本首相高市早苗對台釋出善意，給了卓榮泰「特例同意」，同時給了3點裁示，包括以私人身份、事前事後不曝光、不和日本政要接觸。
該名網友也聲稱，日本甚至曾警告，「倘若曝光，則今後台日信賴關係及高層互訪交流等將遭嚴重阻礙」。而卓揆訪日行程曝光後，日本最高層「至為震怒」，認定台灣「不可能是偶然為之」，破壞台日關係。
對此，外交部經初步查證後說明，經外交部檢視，於網路平台散布的文件，內容多處與我國公文書格式不符，並出現明顯「簡轉繁」痕跡，甚至夾雜簡體字，整體判斷為經人為變造。
外交部指出，此類透過變造文件散布錯假訊息、意圖誤導輿論的行為，相關手法與過往資訊干擾操作相似，均屬惡意干擾我國對外關係的作為，企圖損害台日關係。
外交部呼籲，該文件已涉及變造及散布不實訊息，請各界切勿轉傳、任意引用或擴散來源不明之文件，以免誤導社會視聽，觸犯相關法律並影響國家整體外交利益。
外交部強調，有關卓揆赴日一事，台日雙方都表達此為單純的私人行程至明，類似變造、惡意操作的目的並無法得逞。
