「Pokémon Cafe TOKYO」自3月23日起進入臨時休業，預計停業至6月16日以進行內部翻新。重新開幕後，營業時間將調整為每日上午10點半至晚間9點，最後點餐時間為晚間8點半。同時，「Pokémon Cafe OSAKA」為配合更新作業，也將於6月8日至16日期間暫停營業。關於東京店翻新的具體內容與未來營運細節，官方預計於日後另行公開。
針對座位預約，東京與大阪兩間店鋪皆於日本時間5月17日晚間6點起重新開放，本次僅受理6月17日至7月7日期間的訂位，7月8日以後的預約時程將另行公告。官方強調，所有預約皆僅接受網路申請，不提供電話或電子郵件服務。重新開幕期間尚未確定當日現場候位的可行性，呼籲民眾避免於周邊逗留等待；不過，周邊商品區則無須預約即可直接入場選購。
在餐點調整部分，東京與大阪店既有的多項人氣品項將於6月7日正式停售。即將告別菜單的主餐與甜點包含「皮卡丘和御三家的友好咖哩盤餐」「午睡卡比獸的豐盛午餐拼盤」「皮卡丘舒芙蕾鬆餅」以及「精靈球的甜點碗」等。此外，特定主題餐如土王蔬菜湯鍋、哈克龍甜品組合，以及部分圖案的拉花拿鐵也將同步下架，準備迎接全新的餐飲服務。
