指南宮24日晚間9時許發生大火，北市消防局第一時間派出指揮車7輛、消防車22輛、救護車2輛，共85名人員趕赴現場。火勢在10時07分受到控制，並於25日0時9分完全撲滅，所幸無人傷亡。不過，火災發生的原因，還有待進一步釐清。
這場火災導致擁有60年歷史的凌霄寶殿焚毀，不少網友湧入指南宮的臉書，紛紛留言表示，「有點心痛的感覺，希望能度過難關」、「怎麼辦，怎麼會燒起來，後續的復原該怎麼辦，神尊有沒有受損」、「怎麼會燒起來，希望人員平安，神尊無礙」、「希望火災損失可以降到最小」。
事實上，25日凌晨1時56分台北市議員苗博雅就有前往現場，關心地方需求，她在臉書發文指出，「直至我02:40離開現場時，消防局人員仍密切觀察處理凌霄寶殿及太歲殿的降溫及殘火，預計持續觀察至凌晨」，她也謝謝消防局的努力。苗博雅透露，「木柵是我生長的地方，歷史超過百年的指南宮是大文山最重要的信仰中心之一，和文山人有最深厚的連結與感情」。
從苗博雅曬出的照片可見，凌霄寶殿已經燒成一片焦黑，畫面相當怵目驚心；消防局第一大隊長葉俊興指出，凌霄寶殿為地上3層、地下2層的建物，由於是木造建築，1、2樓迅速延燒，消防局到場時已經全面燃燒。
苗博雅指出，呂仙祖保佑，指南宮雖遭祝融之禍，幸而無人傷亡。60年前凌霄寶殿集眾人之力，篳路藍縷、同心協力，方得落成。「今年適逢凌霄寶殿落成一甲子，神給凡人的考驗和指示，想必是要我們再次同心協力度過難關」，她也承諾，會在議會爭取資源，協助指南宮重修。
