據檢方起訴指出，眾望基金會設立地址就是柯文哲的競選辦公室，員工雖由基金會所聘用，但實際負責的，卻是柯文哲的選務活動，只有在基金會辦理活動時才會暫停選務活動，短暫投入基金會活動，基金會還曾因辦理活動過少、人事費用過高遭到台北市社會局糾正。
檢方指控，柯文哲等人涉嫌自2022年年底至2024年8月，挪用眾望基金會款項827萬1095元，支付13名員工薪資。
而現任民眾黨秘書長周榆修因曾於2022年年底至2024年1月，擔任眾望基金會主任，因使此被傳喚作證，今日他在庭上證稱，基金會的執行長、董事長和財務都是李文宗，請款部分則由李文娟負責，對細節不甚清楚。
檢方指控，眾望基金會辦理的活動過少，人事費用卻異常的高。對此，周榆修也舉出基金會曾辦過的關懷弱勢活動，如2023年曾參訪「伯立歐小兒麻痺&愛加倍庇護工場」，還購買弱勢者製作的餅乾、香皂以及捐贈款項，試圖證明基金會確實有辦理公益活動。
檢方反詰問時以柯文哲秘書黃心緗為例，問道「為何黃領的是眾望基金會的薪水，實際工作卻是在協助柯文哲的選務活動？」，對此周榆修回答：「因為基金會員工都不是專職，可以自行兼職活動」
至於民眾黨與基金會的關係，周榆修證稱，眾望基金會並沒有支援過民眾黨，反而是民眾黨協助基金會比較多，且柯文哲具備高知名度，擔任基金會代言人有宣傳推廣的作用，兩者是「魚幫水、水幫魚」的關係。
