衛福部轄下公設財團法人賑災基金會啟動公益募款「0923花蓮馬太鞍溪堰塞湖災害募款專案」，自25日起接受外界捐款，勸募金額為5億，期間為1個月，至10月24日止。行政院發言人李慧芝表示，募款1天就獲得4萬9614筆善款，募款金額達1億105萬5455元；其中，超過新台幣100萬元以上的大額捐款有6筆，而款項有48％是來自Line Pay的小額捐款，展現出台灣人的愛心。
不過，近日網路上有說法稱「以為捐給衛福部比較好，最後衛福部一樣給花蓮縣政府」，台灣事實查核中心調查後表示，善款專款專用，必須符合捐助目的，事後也要核銷，不是直接把一大筆錢送給地方自由運用，而是必須專款專用，符合救助目的才會給錢，地方執行者也必須檢附單據、造冊核銷。
台灣事實查核中心表示，除了地方政府，專款也可專案補助有需求的民間團體。賑災基金會強調，機構是財團法人，捐款收入和支出都會公告也有財報、會計師查核報吿可供外界檢驗。賑災基金會同時並表示，一般民眾可能不清楚善款的執行方式，或許會想像賑災的善款直接把一大筆錢交給地方政府自由運用，這是不會發生的事情。
聯合勸募則表示，協助收受民眾專款的平台，依法都必須取得勸募許可，且定期公開收支、財報、徵信，且要經會計師查核，民眾可透過這些方式檢視捐款單位的可信度。
