檢方指出，央廣在事發當天即通報檢警及數位部，強調網站為對外宣揚台灣自由、民主、人權的重要平台。北檢主任檢察官葉益發、檢察官程秀蘭指揮專案小組，9月26日首度搜索央廣吳姓工程師及岳姓主管住居所與辦公室，10月9日再度聯合刑大、中山分局與刑事局科防中心，搜索吳、岳及黃姓廠商等8處據點並拘提3人到案。
檢方偵訊後認為，吳、黃2人涉犯刑法背信及妨害電腦使用等罪，且有勾串共犯或滅證之虞，疑似多次入侵央廣網路系統，甚至企圖於國慶日再次發動置換攻擊，危害國家利益，遂聲押禁見。台北地院認為雖罪嫌重大但尚未造成實際損害，已掌握主要證據，裁定吳以27萬、黃以15萬元交保。
北檢提抗告後，台灣高等法院合議庭審理，認為原裁定並無不當，且案情尚未明朗，維持原決定駁回抗告，全案不得再抗告。
