目前台灣有林口長庚醫院自2018年起成立「性別置換醫療團隊」，結合整形外科、大腸直腸外科、精神科、泌尿科等多專科，發展出一套參考國際標準、融合達文西機械手臂的新式跨性別手術系統。至今已完成近50例，成果穩定，術後恢復期縮短，併發症發生率明顯降低。
整形外傷科胡瀞暄醫師表示，依現行法規，跨性別者須先完成兩位精神科醫師鑑定與至少半年的賀爾蒙治療，才可進行包含性器官摘除與重建在內的性別置換手術。以跨女（男跨女）族群為例，手術範圍包含臉部女性化、喉結縮小、聲帶整形、隆乳及陰道重建等。
長庚新式手術相較傳統方式，患者術後隔日即可下床活動，最快4天可出院，住院時間大幅縮短。術後疼痛感低，傷口幾近隱痕，減輕患者生理與心理負擔。
在陰道重建技術上採用3D內視鏡輔助，除傳統「陰莖皮翻轉術」外，也引入乙狀結腸或腹膜移植技術。其中，達文西手臂輔助的腹膜移植方式，提供不需陰道或無法進行深層重建者一項無深度陰道的替代方案。胡瀞暄指出，手術後亦會安排骨盆肌復健與擴張訓練，確保陰道深度與寬度的維持。
大腸直腸外科游正府醫師補充，乙狀結腸重建陰道具備自然潤滑功能，腸道分泌液與陰道環境類似，亦不易產生異味或過多分泌物。與陰莖皮移植術相比，維護上更簡便，效果也更為穩定。
林口長庚團隊目前已建構起完整醫療網絡，從精神諮詢、賀爾蒙用藥到各式跨性別手術，提供身心兼顧的一站式服務。手術費用方面，跨女手術約落在40至60萬元之間，跨男手術因技術與步驟更繁複，費用亦相對提高。