沈聖峰／中央研究院生物多樣性研究中心研究員、吳文欽／中央研究院政治學研究所研究員、林宗弘／中央研究院社會學研究所研究員
近日適逢本院院長遴選，有媒體與少數院士對中研院發表批評意見，以中研院隸屬總統府為由，暗示中研院的學術不自主；又以 Nature Index 的排名與分數起伏，斷言中研院學術表現「每況愈下」，並提出兩條「徹底改革」之路：將中研院改制為大學，或將各所拆分併入國立大學。身為長期在不同領域從事研究、也同樣在意臺灣學術環境的中研院研究人員，我們願意接受社會檢視，也認為制度改革應該集思廣益；但是對中研院的批評若建立在偏差的國際比較與指標解讀上，最後受傷的不僅是努力研究發表的中研院學者，恐怕也會打擊臺灣科學與技術發展的長期競爭力。
民主國家也有「國家級研究機構」
其中有批評認為中研院是過去威權時代的制度遺產，輕易把國家級研究機構與專制體制畫上等號，既不符合事實—威權時代的中研院保護了一些自由派學者的火苗—也無助於臺灣科研制度檢討。就國家投資獨立研究機構來說，德國馬克斯普朗克體系、日本理研、法國 CNRS、美國能源部國家實驗室等，都是由公共財政穩定支持、專責研究並建置大型設施的國家級研究組織。它們存在的理由很務實：讓一個國家的研究能量不只靠大學體系撐起來，並承擔高風險、長期、跨領域、需要核心設施的研究與平台建設。臺灣是否需要這樣的公共科學研究基礎建設？這題值得嚴肅討論；但討論的起點應該是制度績效與改革方向，而不是貼上舊體制的標籤。
全球科研指標變化需要謹慎看待
另一些批評則指向中研院的績效，特別是引用Nature Index短期起伏來批評中研院「每況愈下」，或某些年度比臺大等機構表現差。然而這個指標只涵蓋自然科學、生物科學與健康科學(health sciences)中一部分期刊的論文產出，與機構規模（例如經費、人力）關係很大(臺大學者人數是中研院的兩倍以上)。資料庫也會因期刊清單擴增或機構歸屬調整等原因而變動。因此，單用 Nature Index 的名次升降來判斷整體研究水準容易失真，更不適合被拿來當作制度存廢或拆併的主要理由。
例如，Nature Index 在 2023 年 6 月擴增期刊清單，納入健康科學領域並將追蹤期刊擴至 145 本。此後具醫院體系的機構如臺大，確實更容易在健康科學面向得到加成，因此跨年度趨勢比較本來就更應小心。同時，Nature Index 也多次提醒其資料庫帶有「零和效應」，當某些國家或機構發表量快速擴張，其他機構即使沒有明顯退步，在名次上也可能出現相對下滑。例如Nature Index 顯示美國多數領先機構近年在此指標的分數呈現負成長、排名亦衰退。以 2024 年為例，前十名中有多數機構位於中國，甚至出現世界聲譽極高的史丹佛大學、MIT，排名落後南京大學、四川大學。這些排名實在無法有效反映研究水準，更凸顯 Nature Index 之局限。若直接把中研院或其他臺灣大學名次短期變動解讀成研究水準衰敝，不但不嚴謹，也很容易誤導公共討論。
如果把數字攤開來看，更證明短期起伏不等於長期下滑。以 Nature Index 的 12 個月滾動數據來看，中研院在 2020 至 2024 年的分數分別為 76、76、64、57、60，確實會因年度切分、學科結構與資料庫調整而起伏；但在最新一期（2025年區間）中研院分數又回升到約 78，這個反彈本身就直接否定了「每況愈下」的批評。若一個指標能在短短一兩年內巨幅震盪，那它勢必是需要被謹慎解讀的。
同樣地，根據 InCites（Web of Science）資料庫統計，中研院在 2015–2025 年發表論文中， 12.35% 屬全球前 10% 高被引文章；2025 年的 CNCI（學科正規化引文影響力，世界平均為 1）持續反彈，顯示本院近年研究影響力與品質不僅未「一路下滑」，反而呈現提升趨勢。這些證據共同指向同一件事：若以更貼近研究品質與領導貢獻的指標來看，「每況愈下」並非合乎事實的描述。
提倡「重質不重量」的研究文化
若從更能反映主要作者貢獻角度觀察（以通訊作者身分計），2020 至 2025 年期間，中研院學者在 Cell、Nature、Science 三大頂尖期刊以通訊作者發表論文共 14 篇；以相對精簡的研究人力而言，這顯示中研院學者經常扮演主導與整合的角色，維持穩定且高品質的國際級影響力。也因此，更不能以 Nature Index 在個別年度的波動，就誤判本院科學影響力整體走下坡。
更合理的做法是把 Nature Index 放回它應有的位置——作為觀察非人文社會科學領域之特定學門領域期刊的總產出之參考——並搭配能反映研究領導、影響力與品質的指標，才有機會回答中研院是否重視頂尖研究、是否真有表現變差之趨勢這個問題。
在廖俊智院長任內，中研院大力倡議「重質不重量」，強調頂尖研究與實質影響力，而非落入以數量為主的集點式產量競賽。這也呼應近年國際科學界明確的趨勢與反省，研究評價逐步從累積篇數，轉向更重視原創性、可驗證性、研究領導與長期影響，因為真正能推動前瞻知識的成果，往往不是短期大量堆疊論文數量就能換來。
真正該接受公評的是「實質貢獻」與「公共責任」
科研指標固然重要，但研究機構的價值，終究要回到它為所處的社會與知識社群所做出的實質貢獻：是否推動科技前瞻議題？是否建置全國所需並可供分享的基礎實驗設施與人社資料庫？是否培育下一代研究人才？是否在關鍵時刻回應公共需求？中研院的學術同仁除了學術研究，依法也肩負協調、聯絡、獎勵與人才培育等公共任務；這些工作往往不會完整反映在單一論文指標上，卻是國家研究體系能否長期運作的基礎建設。從重大國際合作的基礎科學成果（例如黑洞觀測），到在量子科技、AI、生醫、氣候變遷與永續發展、漢學、人文社會科學的民意調查等領域的長期投入，乃至於各級研究人才的獎助與培育，中研院的價值不只在於產出頂尖研究，更扮演推動臺灣大型關鍵科學設施與基礎研究的開創者與守護者。
有論者建議把中研院改制為大學，或拆分併入大學，表面上看似能一體化與民主化，但也可能同時削弱長期研究的穩定投資、跨領域的整合能力，以及國家級平台的連續性。臺灣要站上國際科學研究舞台，終究需要更長期且可預期的基礎研究投資，讓中研院協助大學維護基礎設施、分享教學與研究資源並合作發表，而不是在零和競爭裡彼此消耗。在民主國家的學術自由風氣中，中研院當然可以、也應該被監督，國家科學與人才更需要長期擴大投資。讓改革建立在合理的比較、合適的指標與可驗證的事實上，才是對臺灣學術社群未來發展負責任的道路。
