根據日本媒體報導，這架直升機於當地時間上午10時50分，自阿蘇市觀光設施「阿蘇卡德利動物樂園」（Cuddly Dominion）起飛，原定進行約10分鐘的火山口空中觀光行程，航線可俯瞰草千里與阿蘇中岳。機上乘客為一名41歲男性與一名36歲女性，皆為台灣籍，駕駛則為一名64歲、具有10年以上飛行經驗的男性。
事故發生前後，消防單位在上午11時過後接獲來自智慧型手機的自動衝擊通報，營運公司也表示，直升機曾發出緊急訊號，但並未接收到駕駛的無線電求救通聯，相關手機亦無法取得聯繫。
隨後警方與消防立即展開搜尋行動，直到下午4時10分左右，熊本縣警的直升機在阿蘇中岳第一火口東北側的山坡，發現疑似失聯機體。經比對機身編號後，確認為該架觀光直升機。
營運公司指出，事故原因目前仍不明。該直升機依規定每飛行50小時進行一次例行整備，距離上次檢修後僅飛行約12小時，平日飛行時數約為每日2至3小時，駕駛事發前也未出現身體不適的情況。
由於墜落地點位於活火山火口周邊，搜救行動面臨極大挑戰。警方表示，火山口內部地形陡峭，加上火山氣體、濃霧與強風影響，直升機與人員難以接近。
21日上午，警方、消防與日本氣象廳約50名人員在阿蘇山廣場設立前進指揮所，派遣先遣隊評估火山氣體濃度與現場環境。當天測得二氧化硫濃度約為5ppm，雖可在配戴防毒面具下行動，但能見度僅有數十公尺，仍嚴重影響搜救進度。
阿蘇縣消防局表示，火山口壁過去幾乎沒有實際進入紀錄，現場狀況屬於「未知領域」，必須在確保救援人員安全的前提下審慎行動，「此前從未有人真正下到過火山口壁上，所以我們不清楚那裡的情況，因此很難說我們是否能夠下去。」位於火山口和草千里之濱（該縣最熱門的旅遊景點之一）之間的警察局是警方、消防部門和日本氣象廳聯合搜救行動的前線基地。
然而從早上開始就一直在下雪，該地區被濃霧籠罩，能見度僅幾十公尺。兩隊也分頭勘察前往墜機地點的路線，但由於消防局缺乏相關經驗，搜救工作仍困難重重，相關單位強調，搜救工作仍將持續進行，並將視天候與火山活動狀況，調整後續行動方式。
