判決指出，李義祥當年未經申請擅自施工，導致工程車在邊坡熄火滑落鐵軌，卡在花蓮清水隧道北口，隨後遭太魯閣號高速撞擊釀成慘劇。一審法院認定李義祥過失致死及妨害投標罪成立，判刑合併7年10月，但對其未即時報案部分未構成肇事逃逸，宣判無罪。
不過二審法官認為，李義祥事後未積極通報、也未採取任何有效緊急處置行動，導致列車來不及反應，最終釀成慘重死傷，因此改判肇事逃逸罪成立，判刑7年，加計原判過失致死罪5年及妨害投標罪10月，合併執行12年6個月。
至於當時也在現場的越籍移工華文好，檢方雖主張他未阻止事故發生且事後離開現場，涉有不作為之責，但法官認為華男並無主導責任，也未具體實施足以構成刑責的行為或明確不作為，因此維持一審無罪判決。
本案審理期間，罹難者家屬多次公開表達無法接受李義祥未報案行為，甚至主張應以「不作為殺人罪」論處，對於華文好無罪亦感遺憾。不過今日宣判時，李義祥、華文好以及多數罹難者家屬均未出庭。