今（2025）年各部會預算遭立法院統一刪減10%，部分運作產生影響，尤其人事、設備維護、日常營運等方面，部分服務項目縮減或延遲執行；外交部長林佳龍4月21日時於立法院備詢時表示並證實因為主要支應護照的預算遭刪減，內部評估10月就無法印製、護照核發有困難，更提醒護照招標相關工作應盡快啟動。
在林佳龍證實護照用量吃緊後，外界質疑護照規費一本為1300元，為何仍存在預算不足問題，根據自由時報報導，外交部表示雖然民眾每本繳納1300元護照規費，但實際製作一本晶片護照的總成本已達1646.98元，等於政府做一本虧將近347元；然而製作護照成本明細包括空白護照與防偽膠膜費用473.77元、晶片與人力製發系統等直接成本565.41元、辦事處租金及郵資等間接成本607.80元，外交部指出，1300元的規費自2013年起至今未調整過，實在無法反映原物料、運費及人力成本不斷上升的現實。
不過臉書社團「逆風的烏鴉」也在臉書發文指出，表示從 2018年疫情開始剩餘大量的空白護照，總計超過380萬本，即便完全不印新本也不會缺，稱稱因預算被砍，導致護照短缺的真正問題可能為2021年護照封皮改版，導致原本的空白護照「全數報廢」，庫存才會一夜歸零。
逆風的烏鴉分析護照製作分為3個標案，包括封皮製作、中央印製廠組裝內頁成品、發證時貼上的防偽膠膜，計算每本空白護照實際成本約為封皮130元加上印製404元，總計約為534元；若報廢383萬本，估計總浪費高達20億4800萬元。
逆風的烏鴉質疑2021年新版護照是導致護照短缺的關鍵，他認為政府為了將「TAIWAN」字樣放大、更換封皮，雖然聲稱不會增加成本，但實際導致舊版護照報廢，當全數報廢就等於從2021年起重新製作，且至今剩餘護照僅一萬多本，才會有「護照短缺」一說。