「國民黨智庫可以黑箱運作，架空立法委員職權？」黃光芹表示，在吳敦義、朱立倫擔任國民黨主席兼智庫國政基金會董事長時期，均強調智庫運作需與立法院聯結、在立法院提案修法時參與研議，例如《財劃法》試算，以及《花東交通三法》的再評估。
黃光芹續指，當時也不乏强調，有爭議的法案需尋求黨內共識。不管如何都不會逾越份際，知道智庫的角色所提出的評估僅供參考，尤其必須尊重黨團自主。
黃光芹也說，國民黨智庫在朱立倫年代，因為經費不足大規模瘦身，研究員只剩下個位數。
黃光芹質疑，鄭麗文主導之下的國民黨智庫，規模不會比以前更大，涉及軍購特別條例提案，關鍵角色應該就是執行長張顯耀。過程中花了多長時間、找了哪些人、經過什麼依據、作出什麼研判，才會提出「3500億+N」的版本？並凌駕在自家立委所提版本之上？
黃光芹感嘆道，如果不打開黑箱，這種由上而下、由黨中央極少數人、架空國民黨民選之代議士、在立法院行使職權的作法，不僅前所未見，也未必禁得起民意的考驗。
