卓榮泰7日自費搭乘專機赴日進行「私人行程」，現身東京巨蛋觀看WBC球賽。這是1972年台日斷交後，首次現職行政院長踏上日本國土，被視為台日外交大躍進；可此事也引起中方不滿，致電日本駐中大使金衫憲治抗議。
對此，林沛祥表示，他國對於外交的任何反應，有自身取捨；因此針對中國大陸的態度，國民黨團予以尊重，面對美國、中國等國家都是如此。
林沛祥說，國民黨團主要關心國家內政，外界對於卓榮泰赴美有疑問，行政院當然要一一解釋。而且依據規定，閣揆跟部長級出國都要報備，私人行程亦然。
林沛祥說，大家都支持中華隊，但與此同時，仍要注意自身職責，尤其涉及包機出國、維安問題，很多事情不能當成兒戲。卓榮泰是行政院長，實質上的中華民國第二號人物，不能說出國就出國。
林沛祥指出，連戰過去擔任行政院長時，出國討論海南島投資事宜，也表示是私人行程，但回國後也有和立法院如實報告，尊重體制，是否也應要請卓榮泰比照先例和立院報告，以示尊重立法院、尊重憲政？這些都必須考慮，而非用外交突破就能帶過。
林沛祥強調，理解中華民國的處境相當困難，但是卓榮泰身為行政院院長，國民黨團期待其能解答國人疑問，並回應國人需求，這點是蠻重要的。
