中華民國基層藥師協會理事長沈采穎分析，近年藥局經營困難主要有六大原因，包括醫院頻繁更換用藥，導致藥局庫存藥品滯銷；藥品經常缺貨，造成病人流失；部分藥品進價甚至高於健保給付價格，形成成本損失。
調劑費多年未調漲，但房租、人事及水電等開銷持續增加；疫情過後民眾出國旅遊消費，保健食品也傾向在國外購買，降低國內消費力；此外，連鎖藥局全年無休，假日營運也需要投入大量人力，進一步加重成本負擔。
沈采穎指出，連鎖藥局受到的衝擊尤其明顯，由於店面坪數較大，光是租金調漲就可能增加十幾萬甚至20萬元以上的支出。當獲利縮水、營運成本持續攀升，業者只能優先收掉獲利不佳的門市。她也提到，藥局每張處方箋的調劑費約50至60元，即使每月調劑1,000張，收入可能仍不足以支付一名藥師的薪資。
藥價無法自主調整 缺藥、呆藥讓藥局兩頭燒
藥師林士峰直言，藥局面臨的困境在於藥品售價受到政府規範，價格不僅難以自行調整，還可能逐年下滑，但藥廠進貨成本卻不斷上升，加上缺藥問題時有所聞，業者即使有客源，也未必能順利供貨。另一方面，人事成本逐年增加，藥師人力卻難以補足，讓藥局獲利空間持續受到壓縮。
在新北市開業的藥師蔡佩玲也表示，藥局經常面臨庫存藥品賣不出去、熱門藥品卻缺貨的兩難，部分病人又不願接受替代藥品，加上房租、水電及人事費用年年上漲，經營壓力相當沉重。尤其假日員工希望休假，最後往往只能由老闆親自顧店。
她舉例，販售一盒普拿疼可能只賺5至10元，但每月房租約8萬元、水電費約1萬元，勞健保及其他雜支也接近1萬元，還必須準備10萬至20萬元作為處方藥進貨周轉金。若遇到抗癌藥等高價藥品，一張處方箋可能就得先支付6萬元給中盤商，等到兩個月後健保署核付時，還可能面臨核減。種種資金壓力，讓藥局必須承擔相當高的周轉風險。
保健品面臨電商競爭 疫情紅利消退衝擊營收
除了藥品調劑業務，保健食品及防疫用品也是藥局重要的收入來源。藥師公會全聯會發言人、台北市藥師公會理事長黃彥儒分析，疫情期間防疫用品曾是藥局重要營收來源，2020年占比甚至超過5成，但隨著疫情趨緩，相關需求已回歸常態，目前占比不到1成。
此外，保健食品面臨電商及其他銷售通路的比價競爭，民眾也有更多購買選擇，使藥局難以維持過去的銷售優勢。目前業者主要仰賴非處方藥、指示用藥及日常保健品等品項支撐營收，但整體獲利空間仍受到擠壓。
藥師除了經營壓力 還得面對客訴與削價競爭
經營環境艱困之外，第一線藥師還得面對消費者客訴及同業削價競爭。蔡佩玲表示，有時只是詢問顧客是否有會員電話，或是否需要購買提袋，就可能遭到抱怨服務態度不佳、商品價格太貴，甚至被留下負評。
部分長輩對藥品價格仍停留在過去印象，認為保力達、虎標及普拿疼等商品不應漲價，當藥師告知目前售價時，反而質疑藥局刻意提高價格牟利。蔡佩玲無奈表示，附近藥局削價競爭，為了維持客源只能跟著降價，但成本不斷增加，利潤卻越來越薄，讓她忍不住感嘆「每天都想把店收掉」。
根據財政部統計，西藥零售店家數為7,489家，較民國113年減少247家，但同期銷售額仍增加31.5%。數據顯示，儘管整體銷售額成長，藥局業者仍面臨成本上升、獲利空間受限的問題。隨著連鎖及社區藥局陸續傳出歇業，基層藥師的經營困境也再度受到關注。
