北檢列舉5大抗告理由。首先，依據台灣高等法院先前裁定，柯文哲涉及公益侵占罪部分仍有證人待查，包括10月2日黃景茂、10月16日張高祥與范有偉、10月21日黃珊珊，以及10月30日吳順民等人，因此在交互詰問完成前，羈押仍屬必要。
其次，檢方指出，柯文哲交保後即與證人陳智菡、陳宥丞有所聯繫，明顯違反不得接觸證人的交保命令。第三，柯文哲還在公開場合對將於9月16日出庭的共同被告李文宗喊話，而李文宗在公益侵占部分與柯有相互指證關係，恐影響證言。
第四，北檢指控，柯文哲在羈押禁見期間，仍授權他人使用其名義經營社群帳號，透過斷章取義的方式解讀法庭活動，形同隔空串證、製造輿論，甚至恐嚇可能不利他的證人。最後，檢方強調，國民黨台北市議員應曉薇部分，仍有沈慶京、黃景茂、柯文哲、吳順民等人未完成交互詰問，因此維持「證人未訊畢前，仍有羈押必要」的一貫立場。
