除了健康問題外，柯文哲也質疑檢方辦案手法，指控檢察官於偵訊過程中對台北市前副市長彭振聲、都發局前總工程司邵琇珮「不正訊問」，日前另聲請法院保全證據，要求調取北檢3名女書記官的錄音筆與電腦備份檔案，並主張應派員前往北檢辦公室取證。
但法院認為，相關庭訊過程已全程錄音，且合議庭已陸續將142名被告及證人庭訊光碟整理後交予辯護人，無需另調書記官的私人物品；且彭、邵兩人從未表示訊問過程有違法情事，因此裁定駁回。
柯文哲自遭起訴以來，已被台北地方法院於今年1月及3月間兩度裁定羈押禁見。法院認定，柯涉重罪且有逃亡、勾串、滅證之虞。律師則指出，柯自3月中旬以來多次就診，並於3月25日接受體外震波碎石術，術後病情未獲緩解，主張在監所無法獲得妥善醫療。但北院審酌後認為，病況並未達「非保外治療顯難痊癒」標準，駁回聲請。