農業部次長杜文珍表示，這起疫情屬於個案事件，全國其他養豬場目前均為陰性。疫調發現，梧棲案例場長期使用清潔隊及民眾提供的廚餘作為飼料，除由台中梧棲清潔隊供應外，附近居民得知該場以廚餘養豬，還會自行將剩食放置門口讓畜主取用，甚至飼主自家廚餘也一併餵食。
不過，該場聲稱蒸煮廚餘，但經查僅購買少量瓦斯桶，去年整年僅3桶、今年至今僅2桶，各為20公升，且現場並無燃燒柴薪痕跡；國軍進場清消後也發現瓦斯桶幾乎未使用，顯示蒸煮程序疑點重重；疫調小組並檢出該豬場廚餘車踏板呈陽性反應，且廚餘豬欄死亡率高達39.3%，明顯高於餵飼料豬欄的2.5%，顯示感染與廚餘關聯性極高。
此外，梧棲清潔隊提供的廚餘並非僅供該案場，還流向另一處「C廚餘養豬場」，而C養豬場飼養規模逾千頭，雖同樣以廚餘餵飼，卻有完整上傳蒸煮紀錄，經多次採樣檢驗均為陰性，顯示其蒸煮管理得當。
中央應變中心指出，基因定序結果顯示，此次病毒為「重組株」，與中國大陸及越南流行的病毒株相似度高達99.95%與99.92%，但由於尚無直接證據來源，仍無法確認病毒如何傳入台灣。
農業部長陳駿季則提醒，未來5天為防疫關鍵期，已要求全國各縣市自8月1日起至11月2日的豬隻死亡數據逐日統計分析，以掌握是否有隱藏疫情；若能在5天內確認全台豬隻健康無虞，將於11月7日如期解禁。
杜文珍強調，未經充分蒸煮的廚餘仍是最高風險感染源，一旦防疫鬆懈，病毒可經食物殘渣傳入豬群，「吃廚餘的肉豬死亡率高達吃飼料豬的15倍」，呼籲各地養豬場立即檢視廚餘使用與蒸煮流程，嚴防疫情再起。
