不過，由於吳石在執行槍決前照片顯示臉頰上有顆痣，因此被質疑被執行死刑者並非吳石本人。此事經監察委員高鳳仙在2019年調查發現，吳石執行死刑過程有3大疑點，但尚無證據足證執行死刑者並非吳石本人。
高鳳仙在調查報告中表示，疑點一是吳石槍決前照片顯示其右臉頰有一顆像痣的大黑點，其他生前照片則無任何黑點。疑點二是吳石在執行槍決前、後均由側面照相，與其他死刑犯由正面照相者有違。疑點三是吳石遺囑報載係在獄中書寫卻由軍法局於槍決2個月後在畫冊內發現而通知家屬領回，且案卷內查無遺囑內容，有違常理，亦與陳寶倉等人係宣判後在法庭書寫遺囑嗣由家屬等人領回者不同。
高鳳仙進一步指出，監察院將卷內的吳石死刑執行前、執行後照片各1張，及網路取得的吳石生前照片共3張，函請刑事警察局、調查局、警察專科學校、中央警察大學鑑定，均因送鑑照片品質不佳或無專業人員器材而無法為是否為同一人之鑑定，故本案尚無證據足證執行死刑者並非吳石本人。
不過，近期中國熱播的電視劇《沉默的榮耀》即是以吳石作為故事原型。劇中再現了吳石對台灣的叛國之歷史事蹟，但中國卻以光榮殉國視之。
吳石被中共吸收是在南京任國防部史政局中將局長時，自1947年4月經投共的立法委員何遂介紹與共產黨建立關係後，不斷將國民黨軍隊在東南、華南、臺灣的部署情況等重要情報遞交華東局轉給毛澤東、周恩來直接收看，給投共的吳仲禧安插監察官方便向共黨提供部隊資訊，於1949年3月將國民黨長江江防部署圖交給華東局，對中共取得國共戰爭的勝利產生關鍵作用。
而在國民政府遷台之際，吳石於1949年10月因任國防部中將參謀次長而飛抵台灣後，由因涉貪去職投共之前中將總監陳寶倉及東南軍政長官公署等官員所獲得相關軍事資訊，到香港交共諜何遂或交給1949年11月中共派遣來台聯絡員朱諶之轉呈毛澤東。
但因共黨在台組織「台灣省工作委員會」負責人蔡孝乾於1950年1月29日被捕獲而供出朱諶之等400多位在台間諜，吳石則在1950年3月1日于蔣中正總統復職當日被逮補。
國防部保密局於1950年3月20日向蔣中正總統呈報其破獲吳石等人的經過及提出偵查意見書，隨後國防部依總統府代電組織高等軍法會審庭，對吳石等12人進行審判。判決書呈蔣中正總統核示，准許吳石、朱諶之等4人的死刑判決。
吳石所洩露絕密的軍事機密，包括有《台灣戰區戰略防禦圖》、最新繪製的《海防前線陣地兵力、火器配置圖》和各防區的《敵我態勢圖》，台灣海峽、台灣海區的海流資料，台灣島各戰略登陸點的地理資料分析，現有海軍基地並艦隻部署、分佈情況，空軍機場及機群種類、飛機架數，國軍現有陸、海、空部隊的番號、代號，各部隊的官兵人數，火炮、坦克、裝甲車等重武器並各類槍械、彈藥的配備、庫存數量，三軍戰鬥部隊團以上軍官、主要軍事機關科長以上人員名冊，《關於大陸失陷後組織全國性游擊武裝的應變計畫》，5個戡亂區及15個重點游擊根據地的負責人名單和兵力配備等絕密軍事情報交給朱諶之。
