1996年至2003年陳耀昌曾投入政治界，擔任民進黨不分區國大代表、行政院顧問、副總統呂秀蓮醫療小組召集人，2006年陳水扁弊案爆發，他投入紅衫軍參與倒扁活動，後續又因厭倦藍綠惡鬥退出民進黨，組了紅黨成為黨主席，而後又退出紅黨。2008年被時任總統馬英九提名監委之際，在質詢台上被立委費鴻泰揭穿長達17年的婚外情緋聞，因而中箭落馬，他當時在備詢台上大方回應，跟元配已「緣起緣滅」，引起議論。
監委提名失利後，陳耀昌曾在媒體專訪上，坦承自己是「誤入歧途的政治低手」。在政治上慘跌一跤後的他，2009年開始投奔歷史創作，熱血有了新流向，他說「寫小說不是我第一順位，政治熱血冷掉才遞補上來，搞政治需要群眾力挺，創作只要一個人。」
後期陳耀昌撰寫多部小說，多次獲頒文學獎項。因喜愛台灣歷史，把課本沒寫的「羅妹號事件」搬上螢幕，其創作第一本小說《福爾摩沙三族記》即入圍文化部「2012台灣文學獎」；而2016年出版小說《傀儡花》被公視改編為電視劇《斯卡羅》。之後陸續出版的《獅頭花》、《苦楝花Bangas》、《島之曦》都廣受好評。
