根據外媒報導，南非最新研究揭示，由於沙丁魚資源急遽下降，至少6萬隻非洲企鵝疑在換羽期間因飢餓死亡，該研究刊登於《鴕鳥：非洲鳥類學雜誌》，指出2004年至2012年間，南非達森島（Dassen Island）及羅本島（Robben Island）這兩處最重要的非洲企鵝繁殖地，族群數量在八年間暴跌逾95%。研究團隊推論，多數企鵝在換羽期因缺乏足夠脂肪儲備而死亡，並可能是在海上而非陸地上死去，因此未留下大量屍體紀錄。
非洲企鵝必須每年換羽一次，為期約21天。在此期間企鵝無法下海捕食，必須完全依賴先前累積的能量。英國埃克塞特大學生態與保育中心研究員理查德·舍利（Richard Sherley）表示，一旦換羽前後食物短缺，企鵝便無法度過這段飢餓期。
研究顯示，自2004年起，南非西岸沙丁魚（Sardinops sagax）生物量幾乎每年下降至最大值的25%以下，而沙丁魚正是非洲企鵝最重要的食物來源。海水溫度與鹽度變化影響沙丁魚繁殖成功率，但該海域捕撈壓力仍持續偏高，加劇資源枯竭。
非洲企鵝在2024年被列為「極度瀕危」，野外僅剩不足一萬對繁殖對。研究者警告，這項在2011年前的資料揭露的是早期的危機，如今情況恐更嚴峻。南非納爾遜·曼德拉大學海洋生物學教授洛里恩·皮切格魯（Lorien Pichegru）強調，南非對小型魚類管理不善已持續數十年，情勢至今未見改善。她呼籲政府立即採取措施，以遏止小型魚類資源極度短缺的問題，因為受影響的並非只有企鵝，還包括其他仰賴同類食物的特有物種。
目前南非已在六處主要企鵝繁殖地周邊禁止商業圍網捕魚，並推動人工巢穴建置、控制掠食者與人工飼育救援企鵝等保育措施。南非林業、漁業與環境部研究人員阿茲維亞內維·馬哈多（Azwianewi Mahado）表示，期望這些行動能提高企鵝在關鍵生命階段取得足夠獵物的機會。
