急診與兒科醫師多年來在病例通報與臨床指引中均強調，腸病毒雖然是不特別治療，身體也能靠自身免疫力，在一段時間內自行痊癒的疾病，但少數會併發腦炎、心肌炎或呼吸衰竭等嚴重併發症，這些重症常見於5歲以下幼童，而且早期警訊不一定只表現在發燒或典型的手足口皮疹上。
重症前兆包括：嗜睡難以喚醒、意識改變、明顯活力下降、持續嘔吐、肌跳躍樣抽動（肌躍型抽搐）、手腳無力、呼吸急促或心跳加快等。家長若發現孩子「看起來不對勁」或出現上述任一徵兆，應盡速送至有應變能力的大醫院就診，以免錯失黃金治療時間。
重點是觀察孩子的精神狀態與行為變化，而非只看體溫。此外，大多數腸病毒感染雖不會進展成重症，但因重症惡化有時來得很快，家長應提高警覺、及早就醫評估。
防疫與日常照護方面，疾管署與醫院皆建議以勤洗手、避免共用毛巾與餐具、病童期間減少群聚接觸為主；若孩子生病期間出現疑似重症徵兆，請立即就醫。
