高虹安日前接受網路節目《中午來開匯》專訪時指出，內政部2001年曾函釋，根據《地方制度法》，一審判決貪污有罪即須停職，但自己的案件並非市長任內發生，而是立委任內的事，卻變成只要任內被判貪污就要停職，質疑停職理由與實際任期並無關聯。
對此，內政部說明，《地方制度法》第78條第1項明定，縣市長涉嫌犯圖利罪以外之《貪污治罪條例》之罪，經第一審判處有期徒刑以上之刑，應由內政部予以停職，立法意旨是考量相關情事已影響國家及人民對其之信任關係，並避免政府公權力及業務之推行產生不良影響，尚不以犯罪事實發生於縣市長任期內為限。
內政部表示，新竹市長高虹安因涉犯《貪污治罪條例》利用職務上機會詐取財物罪，一審經台灣台北地方法院2024年7月26日判處有期徒刑，內政部於同日停止其市長職務，符合法律規定。
內政部指出，縣市長依前述規定停職後，如經改判無罪時，於任期屆滿前得准其先行復職，並應向內政部提出申請。新竹市政府於台灣高等法院2025年12月16日上午10時二審改判高虹安貪污罪部分無罪後，於同日下午5時左右以公文將其復職申請書送到內政部，內政部於17日下午2時即發文新竹市政府同意復職，相關作業均依一般行政程序處理，並無刻意拖延。
內政部補充，新竹市長高虹安上述司法案件三審如經最高法院撤銷二審無罪判決發回更審，為避免司法判決未確定前反覆停職及復職影響地方政務推動，暫無須再予停職，惟如二審法院更審後再改判貪污罪部分有罪，仍需依法停職。另《地方制度法》第79條也規定縣市長如經因刑事案件判刑確定須入監服刑或褫奪公權者，由內政部解除職務，將持續關注新竹市長相關司法案件法院審理情況，依法辦理。
