行政院發出新聞稿表示，李慧芝說，今年度中央政府總預算案，每一項計畫都是重要項目，每一筆預算都環環相扣，其中因為總預算遲遲不審，導致受影響的新興計畫及延續性計畫新增項目高達2992億，而在野黨卻挑挑揀揀，只同意動支718億元的新興計劃案，僅佔整本總預算的2.4%，漠視其他國人福利以及國家發展。
李慧芝指出，被在野黨剔除的新興計畫，舉例來說，包含校園無人機人才培育，為國軍提升戰備醫療能量設備的軍事投資計畫，極端氣候的氣象風險數位治理、氣象觀測、海象監測，提升本土疫苗自製量能的國家疫苗產業韌性深耕計畫，甚至連推進先進科技的量子電腦、矽光子計畫都被擱置，這些有助於國人照顧、國家發展、提升國際競爭力的計畫，「難道在野黨認為不重要嗎？」
行政院表示，去（2025）年8月29日將今年的中央政府總預算送請立法院審議，到今天已經是141天，立法院持續拖延審查時程，直到最後幾個工作天匆匆忙忙、挑三揀四，絕非國人之福，呼籲立法院遵守責任政治的憲政份際，理性審查整本中央政府總預算，確實依照憲法規定行使職權審查。
