總統府傍晚發布總統令，宣布監察院監察委員並為院長兼國家人權委員會主委陳菊請辭獲准，此令於2月1日生效。據知情人士表示，陳菊一直想辭院長，但層峰在衡量人情與政治現實之後，一直沒有同意她的辭呈。另方面，陳菊和賴清德情同姐弟，賴也捨不得她離開，現實面來講，依照現在的政治情勢提任何人接任，立院都不容易過關，才讓這個事情一直擱著。
有關監察院院長陳菊請辭獲准，總統府發言人郭雅慧晚間表示，監察院長陳菊為美麗島事件受刑人，一生為民主犧牲奉獻，其後歷任國民大會代表、高雄市市長、總統府秘書長等職務，長年投入公共事務，對國家社會貢獻深厚。
郭雅慧指出，陳菊先前因中風住院，第一時間即提出辭呈，惟賴清德勸請以健康為重，盼其安心復健、待身體狀況允許再行歸位，考量陳菊病情雖持續進步，但距完全康復仍需時間，陳菊於近期再度請辭，賴清德予以同意。
郭雅慧說明，為使院務運作無縫銜接，賴清德委請監察院副院長李鴻鈞代理院長職務，並祝福陳菊後續復健順利、身體健康。
