指控性騷女員工遭開除
據CTWANT報導，前年基金會一名女員工指控當時基金會的副執行長對她性騷擾，並且向勞動局申訴，女員工隨後就被基金會的執行長私下約談，執行長竟責備這名女員工並且將她開除。
女員工被開除之後，基金會又在求職網站上徵求同樣職務的新人，這名被開除的女員工希望能回去上班，但是被基金會拒絕，而且基金會還給了她一筆錢，讓她簽下保密協議，最後這件性騷擾醜聞不了了之，到現在都沒有啟動調查。
執行長發公開信被撤下
當時基金會執行長許美智曾公開發表聲明，提到當時的檢測與調查組組長詹貴惠，竟能同時兼任國家運動訓練中心、中華奧林匹克委員會、國家科學及技術委員會等多項職務。
這也讓外界認為是明顯的「球員兼裁判」，引發關注，就連國際奧委會發起成立的世界運動禁藥管制組織（WADA）都特別寫信關心這個狀況。
許美智的公開聲明並透露自己要辭職，希望能喚起外界的關注，但聲明在官網發出沒多久就被撤下了。
每年領3000萬元無法徹底監督
民進黨立委陳培瑜曾在質詢時提出要求，希望當時的體育署評估成立行政法人提升政府監督責任。當時體育署每年為了委託基金會辦理相關業務，花費高達3000萬元，但卻算是「私法人」，許多眉眉角角都讓政府無法監督。
不久之後，體育界包含林郁婷在內的許多知名人士和學者，都向總統賴清德建議，推動禁藥管制機構行政法人化，但是直到今日，禁藥防治基金會依舊是財團法人。
