臨床觀察顯示，腸病毒並非全屬輕症。醫師指出，平均每五名感染兒童就可能有一人演變為重症，而過去二十年間的重症案例中，將近八成與EV71有關。此型病毒特別容易侵犯中樞神經，嚴重時可能在短時間內導致腦炎、心肺衰竭，致死率甚至可達兩成。
另一名醫師也提及，一名三歲幼童外表看似清醒，實際上病毒已侵入神經系統，最終需依靠葉克膜搶救才保住性命。醫界強調，EV71的威脅並不限於特定年齡，從嬰兒到學齡兒童皆可能出現重症風險，家長不可掉以輕心。
流行趨勢方面，台灣自1998年以來約每三至四年會出現一次疫情高峰，但自2019年後至今已超過七年未有大規模流行。專家指出，這段期間因防疫措施與社交隔離，使許多幼童未曾接觸病毒、缺乏抗體，一旦疫情再起，恐因「免疫負債」而出現更嚴峻的傳播與重症潮。
此外，成人也可能成為隱形傳播者。統計顯示，超過一半感染EV71的成人並無明顯症狀，卻仍具有傳染力，容易在不自覺中將病毒帶給抵抗力較弱的幼兒。此外，腸病毒可透過糞口途徑傳播，且排毒時間可長達數週甚至數月，使防疫更加困難。
醫界提醒，六歲以下孩童為重症高風險族群，尤其兩歲以下幼兒免疫系統尚未成熟，一旦感染更容易惡化。由於目前並無特效藥可直接對抗病毒，治療多以症狀控制為主，因此「預防」成為關鍵。
專家建議，家長應提高警覺，一旦孩子出現持續高燒、反覆嘔吐、嗜睡、抽搐或肢體無力等異常症狀，應立即就醫。平時則需落實手部清潔與環境消毒，特別是使用肥皂正確洗手，因酒精對腸病毒效果有限。
隨著國際交流頻繁，日本與越南等地疫情升溫，其中越南更有過半病例屬EV71型，醫界憂心病毒可能隨人口流動進入台灣，引發新一波流行。專家呼籲，家長應及早建立正確防疫觀念，並在關鍵年齡前提升孩童保護力，降低重症與死亡風險。
