2016年初浩鼎生技解盲失敗，無數小股東慘賠，同時一把火燒掉時任中研院院長翁啟惠的學術光環。隨著檢調介入，爆出翁啟惠女兒翁郁琇名下的3000張浩鼎股票，來源竟然就是尹衍樑。
眼看風暴就要燒向自己，尹衍樑展現高超的「風險防護」能力；士林地檢署偵結查出，尹衍樑自認確實有指示借錢給浩鼎董事長張念慈買股票，但他「並不知道」股票或資金被用來行賄。
此外，在浩鼎案解盲，股價暴跌之際，他也曾反對張念慈動用公司資金護盤，「公事公辦」的作法，反而成了他在司法上的明哲保身之道。由於檢調查無其他涉案實據，尹衍樑最終未列被告，以清白之身安全下莊。
插旗中信金 聯手蔡友才引爆兆豐風暴
浩鼎風暴未平，同年8月，市場又傳出尹衍樑聯手前兆豐金控董事長蔡友才、寶佳機構董事長林陳海，合組「鑒機資產管理公司」，在市場默默吃下中信金控2.12%股權，準備問鼎中信金經營權。此舉驚動金融圈，未料隨後蔡友才因涉入兆豐洗錢案外案遭檢調大動作搜查，由於兆豐金曾大舉借貸給潤泰集團，尹衍樑又被推上風口浪尖。
檢調偵訊時，尹衍樑再次切割經營決策與個人行為，自始至終都以「證人」或「關係人」身分配合說明。最終，鑒機陣營瓦解，尹衍樑黯然退出，雖插旗中信金吞敗，但他個人再度毫髮無傷。
至於與尹衍樑關係匪淺的蔡友才，當年雖因背信等重罪遭檢方求刑12年，但一審僅依偽造文書輕判，二審又改判蔡友才無罪，同樣有望從徹底從重罪脫身。
嚴守法律防線 政商護身符
尹衍樑之所以總能在案件中全身而退，歸功於他對商業規則與法律界線的精準拿捏，總能證明商業行為具備合法基礎，或本身未涉及不法核心。
更重要的是，身為巨擘的尹衍樑政商關係豐沛，不僅版圖橫跨各產業，創立被譽為東方諾貝爾獎的「唐獎」，更打造台灣首座重粒子治癌中心，在商業、學術、醫學及公益界皆有極大影響力。如今隨著這位商界梟雄的辭世，他「萬花叢中過，片葉不沾身」的傳奇手段，也正式步入歷史。
