所謂「總裁批簽」，是指1950年國民黨中央改造委員會成立至1975年蔣中正病逝期間，由秘書長等主管聯名上呈、並由蔣中正親自批示的關鍵文件。
促轉會先前分階段審查國民黨通報的史料，已先審定4286筆「總裁批簽」為政治檔案。不料，國民黨2020年3月將檔案運往檔案局點收時，被點收人員意外揪出「漏網之魚」，發現有18筆及62筆（共80筆）檔案屬於漏未通報的政治檔案。促轉會隨後開會審定，限期國民黨30日內移歸原件，國民黨不服，一路提起復查、行政訴訟，歷經台北高等行政法院駁回、最高行政法院廢棄發回後，由台北高等行政訴訟庭重新審理。
<strong>法院挺轉型正義 認促轉會具專業判斷</strong>
台北高等行政訴訟庭合議庭指出，政黨持有威權統治、二二八或戒嚴相關檔案依法本應移歸，拒交最高可處500萬元連續罰鍰。合議庭強調，「政治檔案是還原歷史真相之重要基礎」，第一手原件具永久保存價值，非複製品可替代。
合議庭認為，促轉會委員經立法院同意任命且具跨黨派特性，決議具民主正當性，法院應尊重其專業判斷。經逐筆核對，這80筆檔案確與二二八及戒嚴體制相關，促轉會處分無違誤，判決國民黨敗訴。全案可上訴。
