黃少祺與妻子小蓁（呂旻蓁）結婚17年，育有兩個兒子，5年前決定讓妻子帶著孩子們到美國讀書、生活，自己則留在台灣打拚演藝事業，但也不忘照顧家庭，寒暑假或是他拍戲空檔，都會一家團聚，有時是他飛到美國，若他要拍戲，妻兒們暑假就會回台灣，還曾進劇組探班。
黃少祺也驕傲兩個兒子又帥又高，去年暑假時，分享與大兒子合照，並說：「 Welcome home.下一次回來可能就比我還高了。」今年2月，黃少祺分享全家福，爸爸還是「略高一籌」，但Jeremy已經比媽媽高。
黃少祺感性盼望：快樂成長！網讚帥兒優良基因
兒子8年級畢業，黃少祺感性發文：「時光飛快，你在美國學習已經5年了，生活中的點點滴滴都是你人生經驗中的累積，爸爸對你的期許仍然一樣，開心生活開心學習快樂成長。Congratulations and love you.」美國8年級相當於台灣國中畢業，接下來Jeremy將讀高中。
黃少祺並分享妻兒在畢業典禮上的合照，當年黃少祺與小蓁因合作《飛龍在天》擦愛火，粉絲用兩人角色形容：「阿如跟飛虎…N年後都沒變耶！」並大讚帥兒：「少祺哥你的兒子跟你一樣帥耶。」、「遺傳到爸爸媽媽的好基因。」、「恭喜，好帥的兒子，老婆好美，一家人幸福滿滿。」
