據了解，檢調在偵辦此案是採取「剝洋蔥式」的策略，專案小組起初以詐領助理費、補助款等貪汙罪名調查高金素梅「大帳房」張俊傑，豈料在清查海外帳戶與金流時，赫然發現有1.7億元不明資金，從境外匯入台灣，這筆鉅額金流讓單純的貪汙案直接升級成國安案件。
檢調「剝洋蔥」辦案 從助理一路查到立委
檢調發現，張俊傑、陳智葟及林怡君等人於2005年至2016年間，將部落工作隊與高金素梅國會團隊整合為「祖靈之邦團隊」，採取「一套人馬、兩塊招牌」模式運作，由張俊傑、陳智葟負責競選、問政及原鄉部落聯繫工作，林怡君則擔任高金素梅與張俊傑的代理人，負責往返兩岸，接受中共官員指示後居間傳達。
檢調進一步追查，發現在收受1.7億元資金後，高金素梅在立法院動作頻頻，包括召開組團赴聯合國反日記者會、對日本代表處質詢刪除預算、質詢反對軍購案、透過程序委員會委員身分影響法案審議及針對課綱微調於委員會發聲支持等行為，完成調查後依貪汙、國安法起訴。
爬梳歷史 高金素梅成司法首例
追溯台灣過往案例，曾任台聯黨立法委員的羅志明，於2023年遭檢調指控引介海軍退役少將夏復翔等人，組織高達48人次的台灣退役將領赴中國大陸接受落地招待，涉嫌為中共情治單位在台發展組織。羅志明為此一度遭到羈押142天並提起公訴，然而歷經法院一、二審審理，法官皆認為檢方罪證不足，無法認定參與者有危害國安的具體意圖，最終最高法院於2024年10月駁回上訴，判決羅志明無罪確定，羅志明隨後也於2025年4月獲得國家刑事補償71萬元。
另一位曾任親民黨與國民黨立法委員的張顯耀在2014年馬政府時期，他首度被指控在兩岸談判中涉嫌洩漏國家工作方針給中共，當時政府高層甚至一度定調為「共諜案」，但台北地檢署於2015年以屬於一般協商庶務、非高度國家機密為由，給予不起訴處分；直到2024年大選期間，檢調查出他涉嫌在明知國民黨已徵召候選人的情況下，配合中共官員指示赴陸、並在台操作特定民調干預大選，橋頭地檢署才在2025年2月正式依違反《反滲透法》將其提起公訴，目前案件仍在法院審理中。
相較於過往這幾起前任立委涉案，高金素梅案則是首度因共諜案被起訴的「現任」立法委員，檢察官痛批她擔任立法委員，原應恪遵憲法，效忠國家，公正議事，善盡職責，竟為競選連任及牟取不法利益，與張俊傑等人合謀收受境外敵對勢力提供的資源及巨額資金，為大陸地區公務機構發展組織，偵查中推諉卸責誆飾犯行，毫無悔悟之意，建請法院重判14年。
