衛福部主張，加利未依109年1月31日全面徵用書、6月3日及8月31日定額徵用書交付自行製造的醫用與外科口罩，屬未履行負擔，依《行政程序法》第123條第3款於2022年1月26日分別廢止前述徵用書，並溯及原核發日失效。
加利提起訴願遭駁回後，針對「全面徵用」與「定額徵用」部分，分別提起行政訴訟，其中全面徵用案已於2022年北高行判決加利勝訴，經上訴，現仍在最高行政法院審理；本案則是針對「定額徵用」部分，北高行再度判加利勝訴。
判決指出，2020年初疫情爆發，衛福部先「全面徵用」加利科技每日生產的醫用口罩，後改為「定額徵用」，並明定須為公司自行製造且符合醫用規格。檢調查出，加利自中國大陸進口效期較短的非醫用口罩，改包貼上「國家隊」編號，與國產醫用口罩混合交貨，違反徵用規格。
合議庭認為，定額徵用書並非授益處分，規格要求是處分的核心內容，並非附條件的負擔，衛福部不得依未履行負擔為由撤銷。加利交付不符規格口罩，影響的是驗收或補償金給付，並非撤銷徵用的事由，判撤銷衛福部的廢止處分與訴願決定，訴訟費用由衛福部負擔。
該事件同時衍生行政裁罰案。衛福部認定，加利在全面與定額徵用期間，共取得不法利益4019萬5750元，負責人林明進亦涉故意違反規定，依《傳染病防治法》於2023年1月開罰公司4019萬5750元、林明進100萬元。兩造抗罰訴願遭駁回後提起行政訴訟，今年3月13日同遭北高行判敗訴，可再上訴。
刑事部分，士林地方法院依詐欺取財罪判處林明進3年徒刑，另依《醫療器材管理法》判處8月徒刑，應執行有期徒刑3年6月；加利科技與特建企業則因代表人執行業務犯非法製造醫療器材罪，各判處罰金40萬元。全案可上訴。