2001年納莉颱風在台灣滯留時間長達約49小時，是台灣氣象史上颱風中心滯留陸地時間最久的紀錄，導致北台灣降下極大雨量，部分地方單日降雨量創歷史新高，尤其台北、新竹、嘉義等地。臺北市捷運及臺鐵臺北車站淹水，地下停車場淹水超過九成，多處地方發生土石流及道路崩塌；近165萬戶停電；逾175萬戶停水；全臺有408所學校遭到重創，損失近8億新臺幣，工商損失超過40億元新台幣。
台北主要地區淹水嚴重，包括南港、內湖、士林及北投等地，地下鐵路及松山至板橋間地下化隧道淹水，造成交通大亂，捷運及鐵路多線中斷。
此外，臺鐵縱貫線山線、海線及宜蘭線部分路段中斷；多處地區引發土石流災害；工商部分損失超過40億新臺幣；農林漁牧損失約42億新臺幣；含括所有經濟損失總共約300億新臺幣。為應對此次嚴重水災，中華民國政府動員約八千名中華民國國軍官兵協助搜救及物資援助。在北部、中部地區，上萬名災民被安置於避難所。
此次水災，由於再加上當時美國發生九一一襲擊事件，臺灣證券交易所以及許多公司均停止市場機能數日，直接重挫國內股市。即使日後市場重新運作，股市機能已大不如前；而數十萬名居民不但無法上班，出行亦是一大問題。這些情況導致國內生產總值降低0.2%，相當於194億新臺幣（約5億6000美元）。
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