針對此次花蓮馬太鞍溪堰塞湖溢流事件，陽明交通大學土木工程學系副教授單信瑜指出，此次災害應變共2大防災體系問題，第一為「風險溝通不足」，政府未能讓民眾充分了解災害機率、後果及警戒區範圍，難以理解災害嚴重性，第二為「過度依賴細胞廣播」。單信瑜續指，目前防災體系有「權責切割」問題，雖然中央政府擁有科技能力，卻未能協助地方政府，而中央政府不僅輕忽颱風季的強降雨風險，也未能在地方能力、資源設備不足時主動介入協助。
然而農業部於7月26日中度颱風薇帕過境後，依據馬太鞍溪堰塞湖進行評估，當時因機具進場施工困難且具高度危險性，部長陳駿季8月13日表示，雖無立即潰堤危險，不過為確保下游民眾安全，當時評估將規劃相關對策，並進行防災監測。此話一出，中央大學應用地質系退休教授李錫堤直批，政府卻在評估工程措施短期內不可行後，僅以「災前撤離」為主要因應方式。
對此政治工作者周軒以樺加沙颱風應變中心在9月21日所發布的新聞稿指出，當時中央災害應變中心已針對光復、鳳林、萬榮3個鄉鎮，依據專業團隊最新情資，包括籍在人不在、外地返鄉者等預劃紅色警戒區域共1800戶，並預告22日，農業部林保署會在上午7時發布「紅色警戒」，由縣府與公所執行預防性疏散撤離工作。
當時中央災害應變中心提供花蓮縣府及3個公所向民眾宣導避難方式，包括房子只有1層樓者，建議離開現地前往收容安置所、房子有2層樓以上者可考慮垂直避難，不過目前14位罹難者「全部都是在劃定強制疏散範圍被發現」。
周軒指出，依據災害防救法第24條規定，地方政府具有「強制撤離權責」，若中央已經提供具體資訊，地方政府必須按照災害風險採取不同措施；若居民無法撤離至2樓，地方政府就應該進行強制撤離，如果「地方政府遲不作為，恐將涉犯公務員廢弛職務釀災罪」，周軒直言「這就是為什麼現在行政院要啟動調查的原因」。
至於民眾昨（24）日反映沒有收到撤離警訊，才導致罹難、失聯等問題，唯24日再傳溢流時警方不僅使用警車廣播，還引導民眾往地勢高處避難，這時才有較好應變措施；農業部回應，22日上午7點首次發布「紅色警戒」指出「請花蓮縣萬榮鄉、光復鄉及鳳林鎮部分區域民眾，盡速依地方政府指示避難」，並於上午9點及中午12點多發布相同細胞簡訊，提醒民眾應盡速撤離，23日凌晨6點再度發送警訊「預估上午8至10時發生溢流，請警戒範圍民眾疏散或往2樓以上避難」，至溢流發生後，也在下午3點及下午4時30分發布細胞廣播簡訊，相當於2天就發布6次警訊通知。光復鄉長林清水則表示，溢流前鄉公所每天都有廣播示警2次，中央也有積極發送細胞簡訊。
