檢方調查，鄭姓醫師自1985年進入榮總，後擔任神經修復科主任、副主任等要職，對耗材採購、研究計畫經費調度擁有實質決策權限。張女則負責神經再生實驗室庶務及耗材請購。兩人指示配合醫療廠商承攬案子，由余男與朱女專責開立不實發票，藉以核銷北榮及陽明大學研究經費。
起訴書查出，自2002年至2023年間，鄭、張二人多次虛構採購需求，醫療廠商則未實際出貨，僅開立發票與驗收單。北榮與陽明大學因此誤信有實際交易，撥付款項給醫療廠商。朱女將款項以「留抵貨款」名目登帳，再依張女指示回流給鄭醫師與張女，部分款項用於繳交信用卡、購車、旅遊及日常開銷。
檢方統計，北榮遭詐金額約2811萬元，陽明及陽明交大合計565萬元，總額達3377萬3681元，並查扣不法所得約870萬元。
另外，北榮黃姓醫檢師也被控明知未實際驗收，卻替張女在驗收單上蓋章，涉及38筆不實驗收。
起訴書指出，醫院研究經費與公立大學補助款均屬公共財源，必須嚴格依採購法與財務規定運用，若以不實發票核銷，除破壞採購秩序，更嚴重侵蝕公帑，5人分別依照《貪污治罪條例》利用職務機會詐取財物、加重詐欺取財、公務員登載不實及商業會計法填製不實憑證等罪提起公訴，並向法院聲請沒收犯罪所得3377萬元。
另張、朱、余3人在偵查中自白並繳回犯罪所得，檢方建請法院量刑時從輕，
