檢察官林俊廷指出，柯文哲屢次質疑「檢察官怎敢起訴」，這是混淆「程序合法」與「實體合法」的概念，強調就算程序有依法進行，若行為涉及圖利仍屬違法。林俊廷直言，京華城案公務員在簽呈上明確認為違法，卻仍獲准通過，這才叫異常。
他進一步指控，柯表面聲稱「不知情」，卻在案中頻頻下指示，對沈慶京的需求照單全收，公務員又會盡力達成上級指示，「乾脆讓沈慶京來當市長」。
檢方並出示北市府公務員張家綺與黃書宣的訊息對話，張表示「我還是不希望過」，黃書宣則答覆「基本還是看彭副，他不擋我們也沒辦法，上面不擋，應的施壓我們怎麼扛」，張回「我們答辯狀寫不完，柯快樂去選總統」。
檢察官廖彥鈞則強調，涉及圖利、貪污等重罪的證人仍未詰問完畢，包括共同被告沈慶京、應曉薇、李文宗與李文娟都尚待調查；黃景茂、黃珊珊等人亦是關鍵證人，尤其黃珊珊有事證「小沈給過了，不要再找他」要釐清。廖彥鈞表示，柯與多名證人、共同被告關係密切，若獲交保恐影響證言，存在串證風險，因此具備續押必要。
柯的辯護律師陸正義則強力反駁，指控檢察官辦案手法存在「不正訊問」，相關供述不具證據能力。至於政治獻金部分，律師主張政治獻金屬「贈與合約」，柯作為所有人本就有支配權，只是使用上有行政規範，若有逾越應屬行政裁罰，不構成刑事責任。
陸正義並指出，柯在2024年12月26日遭起訴後，曾交保從未有逃亡，羈押理由顯然不足。檢方僅以「證人尚未詰問完畢」作為羈押依據，已違背比例原則。他也強調，黃景茂等人本就做無罪答辯，其他都委會委員如徐國城更與柯毫無交集，「所謂實質影響力根本不是羈押要件」。
律師並指出，柯文哲在羈押期間遭遇父喪，母親罹患腫瘤與失智症，妻子陳佩琪2021年確診肺腺癌，如今更有重度憂鬱症與失眠，健康狀況惡化。柯心中掛念家人，不該因堅持與檢察官抗辯而被長期收押。
輪到親自陳述時，柯文哲情緒多次激動，甚至當庭落淚，「檢察官一直說我知道我知道，我到底知道什麼？」強調自己一開始連京華城容積率840%都不清楚，柯表示，市府每日晨會都有錄音逐字稿公開，他的批示只是要局處「快、速審速決，不要違法」，並非干預專業。
談到重要證人彭振聲，柯更是悲痛哽咽。他說，看到彭家破人亡妻子，「真的很想問他為何認罪，但看到他這樣，還能說什麼。」
柯也點名其他認罪被告，認為有人只是為了免坐牢選擇認罪繳罰金，「朱亞虎說要行賄我，我怎麼不知道？」他質疑檢方選擇性辦案，以不實證詞起訴，甚至以沈慶京在開工典禮給現金1500萬作為延押理由，但至今未提出證據。
柯文哲表示，被收押後24小時與外界隔絕，僅在點名時才能透過鐵窗看見一絲外界動靜，也許他被視為「朝廷要犯」，每次出入所有人都被要求面壁迴避。他哽咽表示，自己只能睡在馬桶旁，長時間戴口罩遮掩惡臭，「韓國瑜曾說世上苦人多，這一年才讓我真正看到台灣最底層、最邊緣的人。」未來他要提議，所有考上司法官的都要先去看守所一個月，坐牢反而比收押自由，除了睡覺時間很少在牢房內，但收押卻要跟外界完全斷訊，24小時關在3坪的房間，門上的鐵窗只有點名時才打開，要趴在地上才能稍微看見外面的動靜。
他以醫師經歷自況，強調30年行醫從未因政黨或身分差別待遇，「陳水扁在獄中、連勝文中槍我都去救治，在我心目中都是病人。」他最後呼籲檢察官放下輸贏壓力，「司法不是比賽輸贏，而是追求真相。」
審判長江俊彥開庭時諭知，由於證人詰問時間比預期短，合議庭臨時提前處理柯與共同被告、台北市議員應曉薇的拒保庭押聲請。江俊彥提醒雙方，訊問結束後不一定當日裁定，10月1日前仍可能持續傳喚證人，因此羈押結果充滿變數。
