花蓮縣府指出，依據《災害防救法》，鄉鎮公所為第一線疏散撤離的主責單位，鄉長即為法定指揮官，並非「配合單位」。縣府進一步質疑，面對台灣首例高達8,000人的大規模撤離，依規定應由農業部、內政部等七個部會共同輔導，但中央遲至10月中旬才完成計畫草案，且在災前未盡到實質輔導與整備之責。
農業部未施放海嘯警報 中央關鍵決策錯誤
在預警機制方面，縣府揭露中央存在重大疏失。災前整備會議上，花蓮縣政府由秘書長於8月11日等多次會議強調，當堰塞湖發生潰壩或重大溢流風險時，「農業部也必須《施放海嘯警報》」，以強化警示效果。然而災害發生當下，中央未施放海嘯警報，導致民眾對災害嚴重性認知不足，錯失至少30分鐘的黃金避難時間，此一關鍵決策失誤，中央責無旁貸。此外，行政院長卓榮泰及農業部長陳駿季曾於8月多次對外宣稱「無立即危險」，這種錯誤的風險訊息嚴重影響了地方政府與民眾的判斷。
縣府指出，中央對於撤離人數的評估在災前兩日內急遽增加超過11倍。從最初評估的690人，在內政部長劉世芳裁示下，突然改依國家災害防救科技中心（NCDR）的套圖，將人數改為約8,000人，且直到當晚19時才提供資料，對基層防災工作造成巨大衝擊。
針對硬體設施，縣府痛批馬太鞍溪身為中央管河川，卻長達9年未見中央主動積極疏濬，僅有的兩次疏濬還是由縣府主動申請。而中央負責的開口堤防補強不足，導致在繼康芮颱風後，馬太鞍溪再次潰堤並衝擊光復市區。
縣府自清：依法行政絕無草率
花蓮縣府強調自9月21日起即依林保署發布的黃、紅色警戒，要求公所啟動強制撤離。縣長徐榛蔚更於潰決當天上午預先部署前進指揮所，並明確要求三鄉鎮全面停止危險區域活動。
花蓮縣政府重申，面對災害始終依法行政，對於該負的責任絕不迴避，目前本案已進入檢調偵辦。縣府嚴正呼籲，調查應一視同仁，釐清各級政府的權責，唯有誠實檢討制度，才能避免類似悲劇重演。
