影射邱議瑩涉「三大弊案」
美濃大峽谷盜採砂石案爆發後，土地遭大規模挖掘、回填廢棄物，引發社會關注。邱毅2025年10月底在政論節目中談論此案時，指稱邱議瑩涉及包括美濃大峽谷、馬頭山廢棄物及大寮光電在內的「3大弊案」，要求邱議瑩出面說明。
邱議瑩火速澄清！揚言提告
對於邱毅的指控，邱議瑩強烈反擊，強調自己不是美濃大峽谷地主，也不是盜採砂石或傾倒廢棄物的人，不能因案件發生在她的選區，就將犯罪行為與她本人牽連。
雙方爭議未歇，不久後又因太子集團案重燃戰火，網路流傳太子集團涉案人士名單，因其中一名「林英傑」與邱議瑩過去政治獻金捐款人同名，引發爭議。
邱議瑩對此大動作澄清，表示捐款給她的林英傑是她的高雄朋友，與太子集團的涉案人只是「同名同姓」，身分證開頭D能證明。
邱議瑩隨後點名邱毅、評論員黃敬平及主持人徐俊相等人，指控政論節目內容已將「同名同姓」的捐款人與太子集團產生連結，造成外界誤解，她要求他們在限期澄清、道歉，並表示會採取法律行動。
北檢處分不起訴
台北地檢署調查，針對美濃大峽谷事件，邱毅供稱，自己只是要當地民代負起責任而已，並未指明邱議瑩與這起弊案有關，太子集團的事件也沒有指名道姓，北檢檢察官勘驗邱毅上節目的影像後，認其所言屬可受公評之事，也無法認定有貶損邱女的名譽或人格，全案處分不起訴。
