2025年12月16日｜《財政收支劃分法》不副署首例
立法院去年在藍白陣營主導下三讀修正《財政收支劃分法》，要求中央編列給地方政府的一般性補助款，不得低於前一年度。法案爭議的核心，在於中央與地方財源重新分配。行政院當年11月通過《財劃法》覆議案，盼立法院重新審議相關修法，不過，立法院持續否決覆議，維持原決議。
回顧當時覆議狀況，卓榮泰截至2025年底，已經累積提出8次覆議案，爭議內容涵蓋有關國會職權修法的《立法院職權行使法》、《中華民國刑法》、《憲法訴訟法》、《公職人員選舉罷免法》、114年度中央政府總預算、《警察人員人事條例》，以及《財政收支劃分法》等，8次覆議案皆遭到立法院否決。
當時大罷免運動失敗，不少學者也提出「不副署」主張，政治大學法律學系副教授林佳和曾說，在預算編制上，立法院必須尊重行政權的規劃，只能刪減不能增加，他支持行政院做出不副署的決定；中央大學法律與政府研究所教授陳英鈐則以憲法第70條為本，提出對部分法案「緩副署」的第三條路。
卓榮泰隨後於2025年12月16日宣布不予副署《財政收支劃分法》，成為憲政史上首件未經行政院長副署而未能生效的法律。他說，立法院接連處理涉及違憲、擴權爭議的法案，行政院曾多次與立法院長韓國瑜及各黨團溝通，總統賴清德也兩度提出國政商議，希望尋求朝野合作。不過，由於協商未能取得進展，行政院最終選擇以不副署方式阻止法案生效。
卓榮泰於總統令簽加註的不副署意見為：
依憲法第37條規定，總統依法公布法律，須經行政院院長副署。在憲法上，本院與立法院分別有預算提案權與議決權，以形成國家預算秩序。惟立法院本次修正財劃法，過程與內容悖離民主原則與權力分立，侵害本院行政權，違憲重大且明顯。本人為維護憲法賦予本院之預算編列權並承擔施政責任，決定基於行政院院長副署權，就本次財劃法修正條文不予副署，以示對憲法的忠誠。
2026年2月6日｜政院再度不副署《眷改條例》
立法院今年1月三讀通過由國民黨立委羅智強等人推動的《國軍老舊眷村改建條例》，放寬老舊眷村完工年份的認定，主要涉及台北市大安區慈仁八村50戶居民長期無法搬遷的問題。卓榮泰2月時未再採取覆議形式，直接宣布不予副署，理由包括修法涉及特定個案、違反平等原則，以及無視已經確定的司法判決。
2026年3月4日｜不副署擋《中天條款》、《衛廣法》、《立院組織法》
行政院今年3月再度祭出不副署權，一次擋下立法院通過的《政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例》、《衛星廣播電視法》及《立法院組織法》3項修法。
其中，《政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例》，因將救國團排除於黨產條例適用範圍，並回溯自公布施行日，被外界視為為救國團解套；而被稱為「中天條款」的《衛星廣播電視法》，因明定主管機關駁回換照申請的衛星廣播電視事業，也遭政院不予副署。
至於《立法院組織法》修法，則將立委辦公事務費、公費助理工資及專業、資深加給等經費明定為立法院公務預算中的補助費用，並將助理費定位為「補助性質」，而非立委薪資，引發爭議。
卓榮泰當時表示，這3個修正案嚴重背離憲法原則，無視既有司法判決，為特定個案量身打造，因此全數不副署。
2026年8月｜藍白未來帳戶等3法案遭不副署 卓榮泰任內累計8件
立法院今年7月三讀通過藍白提出的《台灣兒少成長及未來帳戶條例》，行政院認定相關規定涉及侵犯行政權、違反權力分立及比例原則，同時強調，政府將依既定政策推動人口新戰略及相關家庭支持措施，卓榮泰決定不予副署。
此舉也讓朝野衝突進一步升高，立法院長韓國瑜與國民黨立法院黨團總召傅崐萁發生「驚天一罵」事件後，立法院今年度總預算案終於在8月14日完成三讀，而行政院卻在8月17日再度祭出不副署，韓國瑜在臉書隔空與卓榮泰交火，痛批「執政權再大，大不過憲法」。
行政院8月24日再對《廣播電視法》採取不副署處理，理由為本次修法內容所涉黨政軍條款及裁罰對象之規定，與行政院先前不予副署的「衛星廣播電視法」以及「有線廣播電視法」規定相類。行政院8月接連拒絕副署《台灣兒少成長及未來帳戶條例》、《有線廣播電視法》，以及《廣播電視法》，使卓榮泰任內不副署的法案累積達到8件。
