研究找來36名健康成人，隨機分成兩組，進行17週飲食實驗。其中一組將每天纖維攝取量從平均21.5克增加至約45克；另一組則將發酵食物攝取量，從每天不到半份增加至約6份，包含優格、泡菜、德國酸菜、康普茶及蔬果發酵汁等。
結果發現，高纖組雖然增加了分解植物纖維的酵素，排便狀況也有所改變，但腸道菌多樣性並未明顯增加。相較之下，高發酵食物組的菌相多樣性，隨攝取量增加而上升。研究進一步分析也發現，該組持續攝取發酵食物10週後，血液中19種發炎相關蛋白下降。
許書華醫師指出，發酵食物不一定是靠其中的活菌直接進駐腸道。研究比對菌種DNA後發現，腸道中新出現的菌與發酵食物中的菌，重疊比例最高約5%，顯示發酵食物可能透過改變腸道環境，影響原有菌群的生態。
許書華建議，養好腸道菌不能只靠單一食物，可先從每天1至2份發酵食物開始，再逐步增加，同時搭配豆類、堅果、全穀及多樣蔬果，補充不同來源的膳食纖維。如果出現腹脹別緊張，因為剛增加發酵食物的前4週，可能出現輕微腹脹，之後就會消退，這是腸道菌在適應。
