事故發生於日本時間中午12點半左右,當地警方接獲報案,指陶山神社平交道有行人與列車發生碰撞。警消趕抵現場時,吳女已倒地重傷,立即送往醫院急救,惟在約一個半小時後宣告死亡。陶山神社以境內鐵道聞名,鐵軌與列車穿越神社的景致成為遊客拍照熱點。警方初步調查,現場平交道無柵欄設施,但當時警報器疑似已經啟動,吳女仍進入軌道區域。事故導致JR佐世保線與鹿兒島線部分路段一度停駛或延誤。警方正釐清當時列車行駛狀況及死者進入平交道的確切原因,以釐清責任歸屬。