阮昭雄就讀世新大學時參加謝長廷的新文化工作隊，成為謝系青年軍，也因此結識謝系「大師兄」卓榮泰。他曾在卓榮泰第2任議員任期擔任助理，後來1998年卓榮泰當選立委，阮出任其辦公室主任，兩人已有30年交情。
如今，卓榮泰擔任行政院長，延攬阮昭雄出任行政院副秘書長，兩人有長年的合作經驗和默契，有利於未來在政務、政策上的溝通。阮昭雄接下來的任務，除了以幕僚身份提供意見，也負責行政、立法之間的聯繫工作。
阮昭雄在政壇初期是幕僚角色，曾幫謝長廷輔選，2010年接受民進黨提名參選台北市議員並當選，自此成為3連霸資深議員。他也曾披綠袍參選2012、2020立委，不過落敗。在剛開始選舉時，阮就喊出「台北小英雄」的口號。
在民進黨進入蔡英文執掌時代之後，阮昭雄曾3度擔任蔡英文競選發言人，為其輔選，被視為英系人馬。2019年，民進黨徵召阮昭雄投入2020台北市第8選區立委選戰，當時蔡英文還親筆寫下紙條：「台北小英雄，阮昭雄，2020台灣一起贏！」為他加油打氣。不過，阮昭雄該屆立委選舉仍以大幅差距落敗。
阮昭雄2021年10月表態將投入2024立委選舉，並宣布放棄2022年議員連任，支持「口譯哥」趙怡翔接棒參選台北市議員，不過後來阮並未在該屆立委選戰中獲黨徵召。直到2023年，他出任陳建仁內閣的僑委會副委員會，開始展開飛往世界各地與僑胞聯繫的工作迄今。