針對花蓮堰塞湖災情，李鴻源在記者會上坦言，台灣人對堰塞湖其實是陌生的，不太清楚什麼叫「潰壩」。他回顧7月堰塞湖形成時，他就有關注馬太鞍溪的狀況，9月3日劉世芳打電話給他，他請同事把資料調出來看，當時湖裡大約有6千萬噸水，滿水量可達9千萬噸，相當於一座不穩定的南化水庫，只要發生溢流，就一定會潰壩。
李鴻源說，農業部從7月開始就委託單位做監測，當時他推算堰塞湖大概什麼時候會垮，也注意到下游堤防有缺口，再加上堰塞湖下來是強大的泥流，橋一定會被沖斷，因此要計算在堤防的哪個地方會衝出破口。
李鴻源表示，9月19日傍晚，他把資料交給內政部，原本規劃是疏散600多人，但依照他的資料，應該要疏散7、8000人。但現在不是追究的時候，災民安置好之後，檢調會去調查，透過公文和數字比對，就能釐清責任。
李鴻源提到，目前湖水剩下大約5、6百萬噸，不會造成立即危險，但這次總共有3.2億噸泥沙，現在只下來了7千萬，還有2.5億噸留在上面，且左邊山壁並不穩定，若再遇到一次豪大雨，可能會再次崩落，形成第二次堰塞湖，甚至5級地震都有可能引發。
李鴻源說，因此團隊當時建議國科會持續追蹤這件事，並整合各學校的研究單位，建立模型來討論因應方案。很多人直覺想到「挖掉」或「炸掉」，但這需要專業判斷，也應該透過學術研究來進行模擬。
李鴻源示警，下游堤防還有1千公尺比較脆弱，甚至有缺口，水利署應在最短時間補起缺口，更要加固，且河床淤高5米，代表河道的通洪能力已經顯著下降，未來即使堰塞湖不垮，「溢堤」的機率就很高。因此預警機制要非常精準，一旦堤防垮了，大概40分鐘內水就會到達部落，時間非常有限，所以必須要有演練。
此外，李鴻源提到，馬太鞍溪是中央管的河川，一條河川卻涉及2個部、3個署，牽涉非常複雜。花蓮縣府對這條河基本上是使不上力的。未來重建等相關事務，行政院應該找一個專案管理單位負責整合協調。
李鴻源建議，未來光復鄉重建，行政院跟立法院要討論「遷村」，災民的就學、就業、就養，又牽涉到原住民部落，要操作的非常細膩；預警機制要準確，堰塞湖垮了到部落大概就是40分鐘，能掌握的時間有限，因此未來預警機制和疏散機制要演練；現在災防法對潰壩、堰塞湖、海嘯等災害是不清楚的，所以法規面要修訂。
李鴻源也提醒，2周內災民會開始有憂鬱症，會需要心理協助，且災民現在失去生財工具，下個月付不出銀行貸款。現在也有很多志工進入花蓮，志工回家以後恐出現創傷症候群，心理需要被輔導，因此需要跨部會處理，他希望朝野放下心結，努力協助災民，「我真的希望這是最後一次，我們好好的、專業的面對它。」
