根據媒體報導，南鯤鯓代天府的牌樓為亞洲地區最大「五門式木作大牌樓」，建於1982年，12根大木柱取自台灣已禁砍伐的一整棵千年紅檜木，最粗直徑達81.8公分，高達14公尺，未料在此矗立42年會因丹娜絲颱風侵襲而倒塌。南鯤鯓代天府總幹事侯賢名稱，每根紅檜木價值數千萬，牌樓倒塌更是損失上億元，未來將基於安全考量將改採鋼筋水泥來重建牌樓。
然而南鯤鯓代天府牌樓的倒塌也引起網友討論，甚至感到憂心忡忡，「歷史哥李易修」在臉書上發文認為是「大凶之兆」，更補充該廟在今年初抽到的國運下下籤，主籤詩寫著「一重江水一重山、誰知去路又難；任他改求終不過、是非終久未得安」，籤下註解官事「大凶」、功名「無望」，耕作只能收成一半、「結婚的生不出小孩、沒有一樣是好的」。
傳播學者杜聖聰則在臉書表示，南鯤鯓代天府主祀五府千歲，是全台王爺信仰的總樞紐，有「王爺總廟」之稱，並介紹到牌樓是廟宇門面的第一道「禮制空間」象徵神聖領域的開始，也可視為「結界」、「守護」之門，而南鯤鯓位於台南北門，面海背陸的位置自古被視為「鎮守台灣西南之氣」，亦有「鎮煞國門」、「神界守門人」之謂。他直指這次意外，是國運逢劫、神諭示警？還是要一次清理掉「國家的業障」，還是一個朗朗乾坤，又或是無稽之談？待幾個禮拜後就會清楚了。
對於這樣的意外，網友回應稱「天道酬勤，報應不爽」、「神明示警」、「千歲爺替大家扛災」，不過也有網友認為「那麼大的受力面當然會動搖牌樓」、「牌樓既高又長，本來就不容易抗風」、「地基的問題」。